El programa de doctorado nace con el RD 185/1985 en enero de 1985 desde el Departamento de Tecnología de Alimentos de la UPV, apoyado por los grupos de investigación del Departamento de Tecnología de Alimentos y apoyados por otros centros de investigación de la Comunitat Valenciana, como el IATA o el IVIA. Durante el tiempo que lleva en funcionamiento ha sufrido diversas transformaciones, colaboraciones con universidades de todo el mundo y ha producido un notable número de doctores, nacionales y extranjeros, en múltiples áreas de la ciencia e ingeniería de alimentos. En 2008 obtiene la mención de calidad y en 2011 la mención de excelencia. El programa de doctorado se ha afianzado como uno de los más sólidos en el contexto europeo, por la excelente productividad científica de los doctorandos y doctores que participan en el mismo.
